С первой половиной - согласна.

Нейтрального полиморфизма — море.
Возможно, мы не всё знаем.
Может быть эти полиморфизмы не так уж нейтральны. Или были полезны в какой-то момент эволюции.

Кстати, о бесполом размножении.
У-хромосома размножается бесполо, ни с кем не конъюгируя.
По ней можно кое-что проследить.
Разнообразие имеет тенденцию к уменьшению.
Отсюда - У-хромосомный Адам.

О гениях - невозможно спорить.
Нет количественной оценки.
Вася считает Петю гением, а Коля - не считает.
Или человек ориентируется на общественное мнение. Я не понимаю классической музыки, но все говорят, что Бах - гений.
Можно говорить о весьма успешных в своей области людях: известных музыкантах, поэтах, физиках, изобретателях, бизнесменах.
Пенроуз и Хофштадтер к ним относятся.

Но самое главное — апелляция к "трем сигмам" предполагает, что есть некое свойство, поддающееся количественной оценке, крайним выражением которого является гениальность.
Не обязательно.
Можно говорить просто о "доле в популяции".
"Три сигмы" - это примерно 0,2% от популяции.
Гений - это может быть 4-5 сигм.

то из этого аналогично гениальности — или тому неведомому более общему качеству, крайним проявлением которого выступает гениальность?
Успех в выбранном роде деятельности.
"Условно" - можно говорить и о "распределении". Человек "пошел в науку". Значит может стать доктором, профессором, получить мировую известность и разные премии, включая "нобеля".
Некая пирамида.
Нет точной количественной оценки, но у Вас есть какое-то совокупное представление о мировой биологии.
И Вы знаете Линнея, Ламарка, Кювье, Дарвина, Менделя, Вейсмана, Уотсона.
Даже я знаю.
И в физике - так.
И в музыке.
И среди нобелевских лауреатов - есть имена, которые "на слуху".

глава некой секты
Тоже в определенном смысле - гений. Гений практической психологии.
Чем, собственно, отличается от гениального поэта, композитора ?

-----
От семейного воспитания, от формирования в определенной социально-культурной среде, от социальных и финансовых возможностей родителей...
У выдающихся людей в наше время - хорошие возможности воспитывать детей. Но очень редко дети становятся выдающимися.
Никто из потомков Пушкина - не стал известным поэтом.

Но я так понимаю, что примеров династии гениев Вы тоже не знаете?
"Гений" - слишком спорное слово.
Лучше говорить об определенной планке "успешности".
Мы же уже назвали 3 фамилии.
Я именно это имела в виду.
Эти династии - очень короткие, что говорит в пользу версии, что гены удачно встретились, а потом расстались.
Если бы преобладающим фактором было воспитание и материальные условия, у выдающихся людей было бы больше успешных детей.

Но почему Вы считаете, что врач априори умнее домохозяйки?
В те времена женщина, которая просто решила учиться и стать врачом (преодолевая предрассудки среды), была незаурядна. Да, в определенном смысле она "умнее" сверстниц своего круга. И выучиться на врача - не все могут. И в наше время - кто попало в мед.институт не поступает.

Мне, мягко говоря, не очевидна гениальность Пенроуза (во всяком случае, по части биологии он несет какую-то чушь).
Он - классный физик.

Рост — признак хотя и сложный, зависящий от множества генов и от средовых воздействий (в детстве), но имеющий однозначную количественную меру
Мера IQ - не так однозначна, но всё же - поддается учету и корреляционным исследованиям.
Если оно распределено по гауссиане, это говорит о сумме многочисленных случайных величин.
Кстати, такие вещи поддаются математической симуляции.
Можно сделать прогноз корреляции по IQ между всякими близнецами, сиблингами итп в предположении аддитивного/кооперативного влияния многих генов.